Adapt.js es un script que detecta el tamaño de pantalla del dispositivo visitante y decide el CSS adecuado a mostrar para dicha dimensión. Es del mismo creador de 960 Grid System.
¿Qué diferencia existe con la utilización de CSS media queries? En funcionamiento, ninguna.
Sin embargo, actualmente (y a mi entender) la utilización de media queries tiene un problema: los navegadores descargan todos los estilos y luego después deciden cual mostrar (entonces, si tenemos cuatro estilos para cada tamaño de pantalla, siempre se descargan todos sin importar el tamaño del dispositivo). Pueden hacer la prueba en este ejemplo y ver como se descargan 3 estilos diferentes.
Por lo tanto, el usuario recibe más contenido del que debería, perjudicandolo a él (en términos de velocidad) y a nosotros (en gasto de ancho de banda).
Y por otro lado la utilización de media queries funciona solo en navegadores modernos (aunque por lo general se lo utiliza para mostrar versiones optimizadas para iphone de los sitios).
Entonces, utilizar una alternativa como Adapt.js no es una mala idea.